2006년의 업무를 정리하는 종무식이 지난 12월 29일 연구원 식당에서 개최되었다. 이 날 종무식에서는 2006년 한 해 동안 연구원 발전에 기여한 직원과 부서를 포상하였다.
 또한 염기대 원장은 송년사를 통하여, 대학과 기업 사이에서 출연기관으로서 해양연의 역할이 무엇인지 더욱 더 심각하게 고민하고, 다함께 힘을 합쳐서 2007년도에는 더욱 발전적인 기관의 상을 정립해 나가도록 노력하자고 강조하였다.  

  한편, 남해연구소도 지난 12월 28일 2006년도 종무식을 거행하였다. 이 자리에서는 정지현 박사(해양환경위해성연구사업단), 이재도(해양생태기능연구사업단), 한장춘(운영총괄팀), 정삼용(연구선운항팀) 직원이 자체 포상수여자로 선정되어 상패와 상금을 받았다.
 바쁜 업무로 자리에 참석치 못한 장만 소장은 남해특성연구본부 최동림 본부장이 대독한 송년사를 통해, 대내외적으로 도전과 시련을 이겨내고 무탈하게 발전된 성과를 창출한 직원들과 현재 망망대해에서 최선을 다하고 있는 온누리호 식구들에게 감사와 격려의 메시지를 전했다.